結論からお伝えすると、残念ながら今回の検査結果だけで「完全に陰性で安心」と言い切ることはできず、再検査が必要になる可能性が非常に高いです。
一般的に、クラミジアや淋菌の検査が正確に反応するようになる(検査可能になる)のは、「行為のあった日から2〜3日以上」が経過してからです。
もしもあの行為の時に感染していたとしても、行為後2日目の時点では、まだ体内の菌の量が少なすぎて、検査キットのセンサーが感知できるレベル(検出限界)に達していない可能性(偽陰性)があります。
もし相手の検査結果が「陽性」であった場合、コンドームをつける前の段階(手の接触や口の接触の有無にかかわらず、事前の分泌物の付着など)であなたに感染しているリスクが残ります。