chlamydia クラミジアに関する
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ビブラマイシンでも治癒率は100%ではないため、治療不良かと思います。耐性菌かどうかはまだわかりませんか、次はジスロマックを服用して様子を見るのが良いと思います。

3週間空けていれば、死滅した菌を拾ってしまっているという可能性も低いと思います。

PCRの検査ですが、精度は完全に100%ではありません。同じ日の検体でも、理論上は結果が違ってくる可能性もございます。

また、女性の膣ぬぐい検査の場合でも5%ほど差が出てくると言われています。
郵送検査であれば検体採取から検査まで時間が空くので、そこも影響してくるかもしれません。

ちなみに検査に関しては、感度（陽性の人を正しく陽性と判断できる指標）を高く設計されているものが多いです。

それは、陽性の人を陰性と判断してしまう偽陰性を減らすためです。
理由は陽性なのに陰性と判断してしまうと、ピンポン感染を引き起こしてしまうためだからです。

なので今回は陽性という結果を信じて治療を行うのが無難かと思います。
その後、再検査で結果を確認してみるのが良いと思います。