淋病やクラミジアは喉に菌を持ってる場合は尿検査では意味なくて、喉の検査をしないといけないのでしょうか？
喉と尿検査が分かれてるので質問です。

はい、咽頭に感染したかどうか知りたい場合は咽頭の検査が必要です。

クラミジアは梅毒やHIVと違って部位ごとに感染します。

治療薬は部位関係なく効果がありますが、ピンポン感染を防止するために、部位ごとに検査の必要があります。