マイコプラズマジェニタリウム陽性のあと、ビブラマイシンとシタフロキサシンの薬を貰い、全部飲んで3週間経ちました。服用前にあった排尿痛やさらさらとした浸出液が出るなどの症状はなくなったのですが、頻尿だけが続いています。原因として考えられるのは何なのでしょうか？

他の病気の可能性があるかもしれません。

性病だけでなく、通常の尿道炎の検査をしてみてもいいかもしれません。ただ、陰性でも症状が続く場合も稀にあるので、なんとも言えません。