マイコプラズマで性器は陽性で喉は陰性の場合キスはしてもいいんでしょうか？

はい、大丈夫です。

陽性を検出している部位と粘膜接触をしないように気をつけてください。

ただ、別の病気に感染する可能性はゼロではないので、治療後に性行為をするのが良いと思います。