ペアライフクリニックでは疑わしい行為から3週間後に梅毒の検査をすることは可能ですか？

可能です。ただ、梅毒は抗体の検査をするので、あまり早く来すぎても結果が正しく反映されない可能性があります。

早く結果を知りたい気持ちはわかりますが、30日ほど空けてから検査をするのが一番安心だと思います。