12/12にTP、RPR共に陰性でした。11/1に接触した方も同時期にTP、RPR陰性でした。この場合まだウィンドウピリオドあると思いますか？陰性と信じて良いでしょうか？

陰性と信じて良いと思います。

ご本人様だけでなく、パートナーの方も検査しているとのことであれば、なお安心です。

保健所でも無料の検査を実施しているので、今後は定期的にそこへ検査しにいっても良いかもしれません。